Das am linken Ufer der Unstrut gelegene Dorf Merxleben ist eine alte Siedlung. Sie war aller Wahrscheinlichkeit nach um das Jahr 500 ein "Wohnfleck" des sogenannten "Altgaus" im Königreich Thüringen.
Im Jahr 802 erfolgte die erste urkundliche Erwähnung.
Im Jahre 1075 tobte die Schlacht Heinrich IV. gegen die Thüringer über das Dorf hinweg. Sie war eine der größten Schlachten des Mittelalters. Dabei fanden 8.000 Kämpfer den Tod.
1525, Heinrich von Creutzburg ist Gutsherr in Merxleben. 1715 wurde das Rittergut gerichtlich versteigert und 1948 erfolgte der Abriss desselben.
Durch Merxleben führten zwei wichtige Verkehrsstraßen: "Untere Straße" und "Alte Straße".
Die Untere Straße führte von Eisenach kommend nach Weißensee, die Alte Straße von Meiningen kommend in Richtung Nordhausen.
Diese beiden Straßen bestehen heute noch.
1545 begann der Bau der steinernen Unstrutbrücke, Sie wurde Nicolaibrücke aber auch Engelspaß genannt.
Aus welcher Zeit das erste Kirchlein stammt, ist unbekannt. Ihre heutige Gestalt erhielt die Kirche im Jahr 1609. Das Pfarrhaus wurde 1696- 1699 erbaut.
Auch der 30- jährige Krieg (1618- 1648)
brachte Not und Verwüstung über das Dorf. Viele Anwesen und Höfe wurden zerstört.
Nach dem Wiener Kongress, 1815, gehörte Merxleben zum Königreich Preußen.
03.08.1848, Ausbruch eines Großfeuers dem binnen einer Viertelstunde 40 Wohnhäuser mit sämtlichen Wirtschaftsgebäuden zum Opfer fielen.
Am 27. Juni 1866 befand sich der Kirchberg von Merxleben erneut im Zentrum eines Kampfes. Der Bruderkrieg zwischen Preußen und Hannover begann. In der Schlacht bei Langensalza/ Merxleben mussten wieder viele Soldaten ihr Leben lassen.
1866 wurde eine neue Unstrutbrücke gebaut.
1882 war die Gründung des Gesangsvereins Merxleben.
1912 erhielt das Dorf elektrisches Licht.
1913, Eröffnung des Bahnhofes Merxleben. Strecke Langensalza- Haussömmern. Sie wurde 1968 wieder eingestellt.
1921 Gründung eines Sportvereines.
Im ersten Weltkrieg waren in der Gemeinde Merxleben 13 Tote zu beklagen.
Der zweite Weltkrieg forderte 38 Todesopfer. Nach dem 2. Weltkrieg kam Merxleben nach kurzer Besetzung durch die Amerikaner zur sowjetischen Besatzungszone.
1945/46 wurde im Rahmen der Bodenreform Großgrundbesitz und Besitz von Nationalsozialisten an Neu- und Altbauern verteilt.
Im Jahre 1952 wurde in Merxleben die erste LPG der damaligen DDR gegründet. 22 Bauern machten den Anfang, bereits 1958 war das Dorf vollgenossenschaftlich.
1954 erfolgte der Umzug der Schule aus dem alten Kirchengebäude in die neu erbaute Grundschule. Ein Jahr später wurden ein Schulhort und ein Kindergarten eingeweiht. Die Schule wurde 1970 geschlossen, die Schüler fahren seit dieser Zeit nach Bad Langensalza zum Unterricht.
Nach der Wende 1990 begann die Liquidation der LPG die immer noch nicht vollständig abgeschlossen ist.
Das Land wird von Nachbaragrargenossenschaften gepachtet und von Wiedereinrichtern bewirtschaftet.
In den Jahren 1993-1995 wurden die Fernverkehrstraße B84/B176 erneuert. Im Rahmen dieser Maßnahme wurden Wasser-, Abwasser- und Gasleitungsrohre neu verlegt.
Der Kirchberg wurde gepflastert und neu gestaltet.
Ein Abwasserpumpwerk wurde für die Gemeinde gebaut.
In unserm Dorf wurden 12 Handwerks- und Gewerbebetriebe gegründet. Es konnten etwa
80 Arbeitsplätze geschaffen werden.
Außerdem gibt es noch 6 Vereine, und eine Tanzgruppe.
Im Rahmen der Gebietsreform erfolgte 1994 die Eingemeindung von Merxleben als Ortsteil von Bad Langensalza